വകുപ്പിലെ ഭരണ നിർവഹണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടപ്പിലാക്കുന്നത് ഭരണ നിർവഹണ വിഭാഗമാണ്. ഭരണ നിർവഹണ വിഭാഗത്തിന്റെ നേതൃത്വം അഡ്‌മിനിസ്‌ട്രേറ്റീവ് ഓഫീസർക്കാണ്. അഡ്‌മിനിസ്‌ട്രേറ്റീവ് ഓഫീസർക്കു പുറമെ സാമ്പത്തിക കാര്യങ്ങൾക്ക് മേൽനോട്ടം വഹിക്കുന്നതിന് ഫിനാൻസ് ഓഫീസറും ഭരണ നിർവഹണ വിഭാഗത്തിലുണ്ട്.
ഭരണ നിര്‍വഹണ വിഭാഗം വകുപ്പ് ജീവനക്കാരുടെ നിയമന, ശമ്പളം അനുവദിക്കല്‍, സ്ഥലം മാറ്റം, സ്ഥാനക്കയറ്റം, അവധി തുടങ്ങിയ ജീവനക്കാര്യങ്ങള്‍ നിര്‍വഹിക്കുന്നു. വകുപ്പിലെ മറ്റു മൂന്നു വിഭാഗങ്ങളുടെയും പ്രവര്‍ത്തനങ്ങൾ ഏകോപിപ്പിക്കുന്നതിന് ഡയറക്ടറെ സ‍ഹായിക്കുന്നു. ഭരണാനുമതി ലഭിക്കുന്ന പദ്ധതികളുടെ കാര്യക്ഷമവും സമയബന്ധിതവുമായ നിര്‍വഹണം സാധ്യമാക്കാന്‍ സഹായിക്കുന്നതും ഭരണ നിര്‍വഹണ വിഭാഗമാണ്. 3 ഏക്കര്‍ വിസ്‌തൃതിയിൽ വ്യാപിച്ചു കിടക്കുന്ന ക്യാമ്പസിന്റെയും അതില്‍ നിലനില്‍ക്കുന്ന കെട്ടിടങ്ങളുടെയും സംരക്ഷണം, സമയാ സമയങ്ങളിലുള്ള അറ്റകുറ്റപ്പണികള്‍ എന്നിവ നിര്‍വഹിക്കുന്നു. വകുപ്പിന്റെ സുഗമമായ പ്രവര്‍ത്തനത്തിനുള്ള ചാലക ശക്തിയായി നിലകൊള്ളുന്നത് ഭരണ നിര്‍വഹണ വിഭാഗമാണ്.